Les coûts éligibles correspondent à des dépenses directes ou indirectes d'une opération.
Par opposition aux dépenses directes, les dépenses indirectes ne sont pas ou ne peuvent pas être directement rattachées à une opération, tout en demeurant nécessaires à sa réalisation.
Pour être éligibles, les dépenses indirectes présentées sur une base réelle respectent les deux conditions cumulatives suivantes :
a) Elles sont affectées à l'opération sur la base d'une clé de répartition justifiée et basée sur des éléments physiques et non financiers permettant de distinguer l'activité du bénéficiaire liée à l'opération soutenue de l'ensemble de ses activités ;
b) La clé de répartition figure dans l'acte attributif de l'aide.