L'école est dirigée par un directeur nommé par arrêté du Premier ministre et du ministre en charge du développement durable. Le directeur est assisté d'une équipe de direction.
Le directeur propose après avis du comité technique spécial de l'école l'organisation de l'école, qui fait l'objet d'une décision du secrétaire général du ministère en charge du développement durable.