Sans préjudice des missions du Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux, la mission réalise l'évaluation et l'audit des organismes de protection sociale agricole ainsi que la veille sur ces organismes. Elle opère également des contrôles ciblés des organismes locaux de protection sociale agricole à la demande de la Cour des comptes, en application de l'article R. 134-5 du code des juridictions financières. Elle peut effectuer des enquêtes non programmées de caisses locales de mutualité sociale agricole.