En application des articles L. 410-5 et D. 410-3 du code de l'aviation civile, le ministre chargé de l'aviation civile peut soit retirer, soit suspendre en cas d'urgence pour une durée maximale de deux mois l'agrément de médecin examinateur. Le retrait peut être précédé, en fonction de la gravité des faits, d'une ou plusieurs mises en demeure de mettre fin au manquement. Ces mises en demeure sont notifiées par le ministre chargé de l'aviation civile à l'intéressé par lettre avec accusé de réception.

A la demande du président du conseil médical del'aéronautique civile, la suspension d'agrément mentionnée à l'article D. 410-3 du code de l'aviation civile est prononcée et adressée au médecin examinateur par lettre motivée recommandée avec accusé de réception. La levée de cette suspension ne peutintervenir qu'après que le médecin examinateur a fourni les pièces justificatives apportant la preuve de la mise en place des mesures correctives demandées. A défaut, la procédure spécifiée à l'article 8 est déclenchée.

Le retrait d'agrément mentionné à l'article D. 410-3 du code de l'aviation civile est prononcé par arrêté motivé du ministre chargé de l'aviation civile après avis du conseil médical de l'aéronautique civile.
Lorsque le conseil médical de l'aéronautique civile envisage un retrait d'agrément, il saisit le ministre chargé de l'aviation civile en lui indiquant les motifs de la décision envisagée. Le médecin examinateur concerné en est informé.
Avant toute décision de retrait de l'agrément, le ministre chargé de l'aviation civile porte à la connaissance du médecin examinateur, par lettre recommandée avec accusé de réception, son intention de retirer son agrément en l'informant des motifs invoqués. Le médecin examinateur peut présenter, dans un délai de trente jours, des observations écrites et, le cas échéant, sur sa demande, des observations orales en se faisant assister ou représenter par un mandataire de son choix. En cas d'absence de réponse dans le délai prévu, la procédure est réputée avoir été exécutée.

Tout médecin examinateur ayant fait l'objet d'un retrait d'agrément ne peut solliciter un nouvel agrément en application de l'article 1er qu'à l'issue d'un délai de un an à compter de la mesure de retrait et si les garanties apportées sont suffisantes pour estimer que les manquements ou déficiences ayant entraîné le retrait de l'agrément ne sont pas susceptibles de se reproduire.

Tout certificat médical délivré après la date de notification au médecin examinateur d'une mesure de suspension ou de retrait n'est pas valable.