Le commandement de la gendarmerie de l'air est exercé par un officier supérieur ou général de gendarmerie qui relève du directeur général de la gendarmerie nationale et, pour ce qui concerne son emploi, du chef d'état-major de l'armée de l'air.
Le commandement de la gendarmerie de l'air dispose d'un état-major et d'une section de recherches.
Dans l'exercice de ses fonctions, le personnel de la gendarmerie de l'air reste placé sous l'autorité des chefs hiérarchiques de la gendarmerie de l'air.