L'exercice de la pêche dans la zone de régulation de l'APSOI est subordonné à la délivrance d'une autorisation de pêche par la DPMA. Cette autorisation n'est attribuable qu'à des navires déjà détenteurs d'une licence et/ ou d'une autorisation de pêche délivrée par les TAAF.
Pour les activités de pêche dans les zones de pêche établie, les armements des navires immatriculés au registre des TAAF transmettent au directeur des pêches maritimes et de l'aquaculture une demande d'autorisation qui précise, conformément aux dispositions précisées à l'annexe II, la zone de pêche, la période de pêche, la ou les espèces ciblées ainsi que les informations relatives au demandeur. Les éventuelles informations complémentaires nécessaires sont recueillies auprès de l'administration des TAAF si celle-ci dispose de ces informations.

Les demandes des activités de pêche exploratoire sont à transmettre au directeur des pêches maritimes et de l'aquaculture au plus tard cinq jours avant la date limite fixée par le secrétariat de l'APSOI. Le directeur des pêches maritimes et de l'aquaculture dépose ces demandes, si elles sont conformes aux règles fixées par l'APSOI, auprès du secrétariat de l'APSOI.