Le pôle « contentieux » est chargé de l'enregistrement et du suivi ainsi que de l'exécution financière de l'ensemble des contentieux intéressant les ministères, à l'exception de ceux se rapportant au travail, à l'emploi et à la formation professionnelle. Il instruit les affaires portées devant le Tribunal des conflits.
Il effectue une surveillance des risques contentieux.
Il met en œuvre la protection juridique des agents publics des ministères, à l'exception de ceux relevant des ministères chargés du travail, de l'emploi et de la formation professionnelle.
Il assure également le règlement des dépenses liées à des décisions spécifiques d'indemnisation à la charge de l'administration.
En lien avec les autres pôles, il apporte son expertise en matière de procédure contentieuse, de droit du contentieux et de rédaction des mémoires et recours.