Le contrôle sanitaire mentionné au 2° du I de l'article L. 1321-4 du code de la santé publique est exercé par le vétérinaire des armées territorialement compétent. Ce contrôle permet d'assurer le respect de l'ensemble des dispositions législatives et réglementaires relatives à la sécurité sanitaire des eaux destinées à la consommation humaine, y compris les eaux chaudes sanitaires.

L'arrêté du directeur des territoires, de l'immobilier et de l'environnement autorisant le prélèvement et l'utilisation d'eau en vue de la consommation humaine précise le contenu du programme des analyses de contrôle sanitaire, les fréquences des prélèvements et analyses ainsi que les lieux de prélèvement.
Le programme d'analyses des échantillons d'eau peut être modifié à tout moment par le vétérinaire des armées territorialement compétent si les conditions de protection du captage d'eau et de fonctionnement des installations ou la qualité de l'eau le justifient.
La réalisation des prélèvements et analyses sanitaires incombe à la personne responsable de la production et de la distribution d'eau.
La personne responsable de la production et de la distribution d'eau transmet au vétérinaire des armées territorialement compétent les résultats des analyses de contrôle sanitaire effectués.
Elle tient également à la disposition du vétérinaire des armées territorialement compétent les résultats de la surveillance de la qualité des eaux ainsi que toute information en relation avec cette qualité.
Le vétérinaire des armées territorialement compétent peut faire effectuer les analyses complémentaires dans les cas prévus aux articles R. 1321-17 et R. 1321-18 du code de la santé publique.
Les analyses des échantillons d'eau mentionnées à l'article R. 1321-19 du code de la santé publique sont réalisées par des laboratoires agréés mentionnés à l'article R. 1321-21 du code de la santé publique ou par des laboratoires relevant du ministre de la défense, qualifiés et désignés par le directeur central du service de santé des armées.
La personne responsable de la production et de la distribution d'eau élabore, met en œuvre, évalue et met à jour un plan de gestion de la sécurité sanitaire de l'eau conformément aux dispositions de l'article R. 1321-22-1 du code de la santé publique. Elle tient ce plan à la disposition du vétérinaire des armées territorialement compétent.

Lorsque les limites ou références de qualité réglementaire des eaux ne sont pas satisfaites ou lorsque les conditions techniques de production ou de distribution des eaux entraînent un risque pour la santé des personnes, la personne responsable de la production et de la distribution d'eau est tenue d'en informer immédiatement le vétérinaire des armées territorialement compétent et les consommateurs et de prendre dans le délai le plus bref, les mesures correctives nécessaires afin de rétablir la qualité de l'eau ou toute autre mesure nécessaire pour protéger la santé des personnes.
Le vétérinaire des armées territorialement compétent s'assure de la pertinence des mesures correctives et, si nécessaire, demande à la personne responsable de la production et de la distribution d'eau, de prendre des mesures complémentaires.
Le directeur de la médecine des forces peut demander au directeur des territoires, de l'immobilier et de l'environnement d'imposer, par arrêté, l'interruption de la distribution ou une restriction dans l'utilisation de l'eau destinée à la consommation humaine, ou toute autre mesure nécessaire pour protéger la santé des personnes, en tenant compte des risques que cette décision induit.
La personne responsable de la production et de la distribution d'eau informe, par tous moyens et sans délai, le vétérinaire des armées territorialement compétent, les consommateurs et le directeur des territoires, de l'immobilier et de l'environnement de l'application effective des mesures prescrites et de l'évolution de la qualité des eaux.