La soutenance de la thèse permet la délivrance du diplôme d'Etat de docteur en pharmacie par les universités accréditées à cet effet. Elle permet l'inscription conditionnelle annuelle à la section du conseil central de l'ordre des pharmaciens compétente pour la spécialité sous réserve des dispositions de l'article L. 4222-7 du code de la santé publique, et l'entrée en phase 3 sous réserve de la validation de la phase 2 de la maquette du diplôme d'études spécialisées suivi. Cette inscription est subordonnée à l'inscription de l'étudiant à l'université. Ce dernier transmet, chaque année universitaire, à la section du conseil central de l'ordre des pharmaciens auprès duquel il a obtenu sa première inscription conditionnelle la preuve de son inscription à l'université.
En cas de non-soutenance ou de non validation de la thèse à la fin de la phase 2, l'étudiant s'inscrit à l'université en année de thèse et doit valider cette dernière pour accéder à la phase 3 dite de consolidation.

La commission régionale de coordination de la spécialité propose la délivrance du diplôme d'études spécialisées à l'issue du dernier stage des études de troisième cycle. La commission se fonde sur :

- la validation de l'ensemble de la formation hors stage, et du mémoire ;
- la validation de tous les stages prévus dans la maquette du diplôme d'études spécialisées de pharmacie hospitalière ;
- la validation des trois phases de formation ;
- un document de synthèse rédigé par l'étudiant portant sur les travaux scientifiques qu'il a réalisés, sur sa participation à des congrès ou colloques, ses stages à l'étranger et à toute autre formation ou expérience complémentaires ;
- toutes les appréciations réalisées par les personnes chargées de l'encadrement pédagogique de l'étudiant au cours de la formation ;
- l'avis du directeur de l'unité de formation et de recherche dont relève l'étudiant, qui contrôle la conformité de son cursus à la maquette de formation du diplôme d'études spécialisées postulé.

Conformément à l'article D. 633-19 du code de l'éducation, le diplôme d'études spécialisées est délivré par les universités accréditées à cet effet. Il mentionne l'option précoce suivie et, le cas échéant la formation spécialisée transversale suivie.