En cas de suspicion de la présence du virus de la FCO, le préfet peut prendre vis-à-vis de l'établissement suspect, un arrêté préfectoral de mise sous surveillance (APMS) qui entraîne :
1° Le cas échéant, la mise en place d'une enquête épidémiologique qui notamment porte sur les points suivants :

a) L'origine possible de l'infection dans l'établissement et l'identification des autres établissements dans lesquels se trouvent des animaux ayant pu être infectés ou contaminés à partir de cette même source ;
b) L'estimation de la date depuis laquelle la FCO est présente dans l'établissement ;
c) Le recensement des mouvements des animaux des espèces répertoriées sensibles à la FCO à partir ou en direction des établissements en cause et des sorties éventuelles des cadavres d'animaux desdits établissements ;

2° Des prélèvements par le vétérinaire sanitaire destinés au diagnostic, qui sont réalisés sur au maximum trois animaux par espèce répertoriée sensible à la FCO, détenue au sein de l'établissement.
Les prélèvements sont transmis à un laboratoire agréé pour les analyses FCO.