L'Ecole du service public de la mer est dotée d'un conseil d'orientation à caractère consultatif. Le conseil d'orientation délibère notamment sur toute question relative à la formation des personnels chargés des questions maritimes du ministère, l'enseignement et l'organisation générale de l'école, au choix et à l'application des méthodes pédagogiques, à l'exception de l'enseignement de l'école d'administration des affaires maritimes.
Le conseil d'orientation reçoit communication du rapport annuel d'activité et de la réalisation des indicateurs du contrat d'objectifs et de performance.

Le conseil d'orientation est présidé par le directeur général des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture ou son représentant.
Outre son président, le conseil d'orientation est composé de :
1° L'inspecteur général des affaires maritimes ou son représentant ;
2° L'inspecteur général de l'enseignement maritime ou son représentant ;
3° Le directeur général des infrastructures, des transports et des mobilités ou son représentant ;
4° Le directeur général adjoint des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture, ou son représentant ;
5° Le directeur de l'eau et de la biodiversité ou son représentant ;
6° Le directeur général de l'Ecole nationale supérieure maritime ou son représentant
7° Le secrétaire général du ministère chargé de la mer ou son représentant ;
8° Un directeur interrégional de la mer ou son représentant ;
9° Un directeur régional de l'environnement, de l'aménagement et du logement ou son représentant ;
10° Un directeur départemental des territoires et de la mer ou son représentant ;
11° Trois personnalités désignées en raison de leurs compétences dans le domaine de l'enseignement, de la sécurité maritime et des activités maritimes et portuaires ;
12° Cinq représentants des personnels civils relevant des formations initiales ou continues dispensées par l'école ;
13° Un représentant des personnels militaires relevant des formations initiales ou continues dispensées par l'école ;
14° Deux représentants des élèves ou stagiaires de l'école de formation des affaires maritimes désignés dans les conditions fixées par le règlement intérieur de l'ESPMER.
Le président du conseil d'orientation peut demander à une ou plusieurs personnes de son choix d'assister aux réunions de cette instance. Ces experts ont alors voix consultative.
Le directeur et le directeur adjoint de l'ESPMER ainsi que le personnel nécessaire au secrétariat de l'instance assistent au conseil d'orientation.

Les membres mentionnés aux 8° à 11° de l'article 7 sont désignés par le directeur général des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture pour une durée de trois ans renouvelables.
Les membres mentionnés au 12° de l'article 7 sont librement désignés par les organisations syndicales, parmi les agents en fonction dans un service ou un établissement public de l'Etat exerçant des missions relevant du ministre chargé de la mer, compte tenu du nombre total de voix qu'elles ont obtenues aux dernières élections professionnelles pour la désignation des représentants du personnel au comité technique ministériel du ministère chargé de la mer.
Chaque organisation syndicale a droit à autant de sièges de représentants titulaires du personnel que le nombre de voix recueillies par elle aux élections mentionnées précédemment contient de fois le quotient électoral, qui est obtenu en divisant le nombre de suffrages exprimés par le nombre de représentants du personnel titulaire à désigner. Les sièges de représentants titulaires restant éventuellement à pourvoir sont attribués suivant la règle de la plus forte moyenne.
Chaque organisation syndicale désigne un nombre de suppléants égal au nombre de titulaires qu'il lui appartient de désigner. Le titulaire et le suppléant ne siègent pas simultanément.
Les membres ainsi désignés sont renouvelés après chaque élection professionnelle pour la désignation des représentants du personnel au comité technique ministériel.
Le membre mentionné au 13° de l'article 7 est désigné par le président de l'association professionnelle nationale de militaires ayant au sein du ministère chargé de la mer l'influence la plus significative mesurée en fonction de l'effectif des adhérents, des cotisations perçues et de la diversité des groupes de grades mentionnés aux 1° à 3° du I de l'article L. 4131-1 du code de la défense représentés.
Les membres mentionnés au 14° de l'article 7 et leurs suppléants sont désignés pour la durée de la formation de l'année scolaire par les élèves de la promotion, dans les conditions fixées par le règlement intérieur.
En cas de vacance survenant, pour quelque cause que ce soit, avant le terme normal du mandat, les membres mentionnés aux 11° à 14° de l'article 7 sont remplacés, dans les mêmes conditions, pour la durée du mandat restant à couvrir.

Le conseil d'orientation se réunit au moins une fois par an sur convocation de son président, qui en fixe l'ordre du jour.
Le quorum est atteint lorsque la moitié au moins des membres composant le conseil sont présents ou représentés. Lorsque le quorum n'est pas atteint, le conseil délibère valablement sans condition de quorum après une nouvelle convocation portant sur le même ordre du jour et spécifiant qu'aucun quorum ne sera exigé.
Les avis du conseil d'orientation sont pris à la majorité des membres présents ou représentés ; en cas de partage, la voix du président est prépondérante.
Le secrétariat est assuré à la diligence du directeur de l'Ecole du service public de la mer.