La formation en milieu professionnel participe à l'acquisition des connaissances et compétences dans chacun des domaines identifiés au sein du référentiel de compétences en annexe II, au même titre que la formation théorique et pratique, et ne saurait être dissociée de cette dernière.
Elle comprend 42 semaines de formation en milieu professionnel au sein des laboratoires de biologie médicale des établissements de santé publics, privés ou des hôpitaux d'instruction des armées, et au sein des laboratoires de biologie médicale privés.
En fonction de l'offre de stage sur le territoire et du projet pédagogique, il est possible de réaliser pendant la période mentionnée à l'alinéa précédent, 140 heures de formation, soit 4 semaines, en pratique simulée.
Les terrains de stage sont agréés par le directeur de l'institut de formation après avis de l'instance compétente pour les orientations générales de l'institut.
Chaque étudiant se voit attribuer un tuteur de stage, qui est un technicien de laboratoire médical.
L'étudiant renseigne le portfolio afin d'évaluer l'acquisition progressive de ses compétences.
Une convention de stage est signée entre l'apprenant, l'organisme d'accueil et l'institut de formation.