La formation est organisée en deux semestres d'au moins vingt semaines chacun. Elle est validée par l'obtention de 60 crédits européens.
La durée totale de la formation, qui inclut le travail personnel de l'étudiant, comporte 1 400 heures dont 700 heures correspondant à 20 semaines de formation en milieu professionnel.
Les modalités d'organisation de la formation sont précisées dans le projet pédagogique conformément aux dispositions du présent titre et au référentiel de formation en annexe III et soumis pour avis à l'instance compétente.

La coordination et la planification des enseignements de la formation conduisant au diplôme d'Etat de préparateur en pharmacie hospitalière sont placées sous la responsabilité pédagogique d'un représentant désigné par le directeur du centre de formation et du conseiller scientifique mentionné à l'article 41 de l'arrêté du 2 août 2006 susvisé.
Le volume des enseignements assurés par des pharmaciens, des préparateurs en pharmacie hospitalière, des intervenants ayant des connaissances particulières en fonction des matières ou disciplines enseignées et de leur expertise, représente au moins 50 % du volume total des enseignements afin de garantir le caractère professionnalisant de la formation.
Le volume des enseignements assurés par des enseignants-chercheurs et des chercheurs est précisé dans la convention mentionnée à l'article D. 636-70 du code de l'éducation.
L'enseignement théorique peut être réalisé à distance, à l'exception des travaux dirigés ou de travaux pratiques en petits groupes permettant l'apprentissage progressif des gestes et techniques nécessaires à l'acquisition des compétences. Dans tous les cas, l'enseignement à distance est assorti d'un accompagnement personnalisé des étudiants.

La formation en milieu professionnel participe à l'acquisition des connaissances et compétences dans chacun des domaines identifiés au sein du référentiel de compétences en annexe II, au même titre que la formation théorique et pratique, et ne peut être dissociée de cette dernière.
Elle comprend 20 semaines de formation en milieu professionnel au sein des établissements de santé publics et privés, des hôpitaux d'instruction des armées et les autres structures du service de santé des armées et toute autre structure disposant d'une pharmacie à usage intérieur.
Les terrains de stage sont agréés par le directeur du centre de formation.
Chaque étudiant se voit attribuer un tuteur de stage. Celui-ci est un préparateur en pharmacie hospitalière. En absence de préparateur en pharmacie hospitalière dans la structure d'accueil, un cadre de santé ou un pharmacien praticien hospitalier peut être désigné tuteur.
L'étudiant renseigne le portfolio afin d'évaluer l'acquisition progressive de ses connaissances et compétences.
Une convention de stage est signée entre l'apprenant, l'organisme d'accueil et le centre de formation.

Dans le cadre de la réalisation de la formation en milieu professionnel, des disciplines obligatoires sont définies dans le référentiel de formation en annexe III.
Afin d'intégrer ces disciplines obligatoires dans son parcours de formation, l'alternant est mis à disposition d'un autre employeur dans les conditions répondant à la réglementation en vigueur.
Toute formation en milieu professionnel donne lieu à une évaluation assortie de crédits européens, sur la base des critères d'évaluation définis dans le référentiel de compétences figurant en annexe II.

Le directeur du centre de formation détermine les conditions de scolarité et d'assiduité de formation applicables aux étudiants. Ces conditions sont inscrites dans le règlement intérieur du centre de formation.
Une franchise maximale de 70 heures, correspondant à 5 % de la durée totale de la formation, est accordée, pendant laquelle les étudiants sont dispensés des cours, des travaux dirigés, des travaux de groupe, des séances d'apprentissages pratiques et gestuels et des stages.
S'agissant de la formation en milieu professionnel, au-delà de la durée mentionnée à l'alinéa précédent, les périodes non effectuées font l'objet d'un rattrapage pour se présenter devant le jury régional d'attribution du diplôme mentionné à l'article 21.

Une interruption de formation, quel qu'en soit le motif, ne peut excéder trois ans, durant lesquels l'étudiant conserve le bénéfice des notes acquises antérieurement à celle-ci. Au-delà de cette durée, l'étudiant perd le bénéfice des validations acquises. Il conserve néanmoins pendant deux années supplémentaires le bénéfice des épreuves de sélection.
Le directeur du centre de formation définit les modalités de reprise de la formation après une interruption de formation. Il en informe l'instance compétente.
Une telle interruption n'est possible qu'une seule fois pour toute la durée de la formation.

Des modalités pédagogiques spéciales sont applicables :
1° Aux étudiants salariés qui justifient d'une activité professionnelle ;
2° Aux femmes enceintes ;
3° Aux étudiants chargés de famille ;
4° Aux étudiants engagés dans plusieurs cursus ;
5° Aux étudiants en situation de handicap ;
6° Aux étudiants à besoins éducatifs particuliers ;
7° Aux étudiants en situation de longue maladie ;
8° Aux étudiants-entrepreneurs ;
9° Aux artistes ;
10° Aux sportifs de haut niveau ;
11° Aux étudiants exerçant les activités mentionnées à l'article L. 611-11 du code de l'éducation.
Ces modalités pédagogiques spéciales portent, en fonction des besoins de l'étudiant, notamment sur :
1° L'emploi du temps ;
2° Les modalités de contrôle des connaissances et des compétences ;
3° La durée du cursus d'études.
Elles peuvent également prendre toute autre forme définie par les centres de formation qui peuvent, en particulier, avoir recours à l'enseignement à distance et aux technologies numériques.
L'instance compétente est informée par le directeur du centre de formation des modalités d'accompagnement mises en place auprès des étudiants concernés. Ces parcours personnalisés répondent aux mêmes objectifs que ceux définis dans le référentiel de formation en annexe III.