Pour chaque diplôme, les modalités du contrôle des connaissances et des aptitudes sont proposées par le conseil d'orientation et de formation et arrêtées par le ministre chargé de l'agriculture, après avis du Conseil national de la spécialisation vétérinaire.
Ce contrôle comporte, au minimum, une épreuve écrite, une épreuve pratique ou clinique et la présentation d'un mémoire de stage.

Le jury chargé d'évaluer les candidats en fin de formation est présidé par le président du conseil d'orientation et de formation. Il comprend, en outre, trois enseignants-chercheurs de la formation et une personnalité qualifiée. Ces quatre membres et leurs suppléants sont désignés chaque année par arrêté, sur proposition du conseil d'orientation et de formation.
Le diplôme sanctionnant la formation suivie est délivré par le ministre, sur proposition du jury. Il porte mention de l'école ou des écoles vétérinaires ayant assuré la formation, de l'intitulé en ce qui concerne le certificat d'études approfondies vétérinaires et de la spécialité en ce qui concerne le diplôme d'études spécialisées vétérinaires.