Les hydrogéologues agréés en matière d'hygiène publique sont désignés par le préfet de la région où ils comptent intervenir, sur proposition de chacun des préfets des départements concernés, après avis d'une commission régionale d'agrément créée à cet effet et consultation des représentants des organisations professionnelles et des collectivités concernées.

Le préfet de la région concernée arrête la liste des hydrogéologues agréés au titre de l'hygiène publique et la liste complémentaire d'hydrogéologues qui pourront, en tant que de besoin, être ultérieurement agréés par le préfet de région sans attendre la fin du mandat en cours. Il désigne ensuite, pour chaque département, un hydrogéologue agréé coordonnateur départemental et son suppléant.

L'arrêté du préfet de région est publié au recueil des actes administratifs de chaque département.