Le membre du corps du contrôle général économique et financier a une mission générale de contrôle économique et financier de la gestion de l'établissement et des opérations confiées à l'établissement par les lois et règlements, en particulier par les titres II, III et V du livre II du code de la sécurité sociale.
Il a également une mission d'évaluation des moyens mis en oeuvre et des résultats atteints par l'établissement au regard des objectifs assignés à la branche par la convention d'objectifs et de gestion prévue à l'article L. 227-1 du code de la sécurité sociale.