Le conseil médical de l'aéronautique civile prend les dispositions nécessaires pour éclairer sa décision. Il peut prendre l'avis d'un médecin qu'il a choisi ou qu'a choisi le candidat, consulter les services du centre d'essais en vol, demander un contrôle en vol adapté à la déficience. Il tient compte de l'expérience et de l'habileté du candidat. Si la déficience constatée ne risque pas d'empêcher le candidat d'accomplir avec sûreté ses fonctions lorsqu'il exerce les privilèges de sa carte de stagiaire, de sa qualification ou de sa licence, ni de provoquer une incapacité subite en vol, le conseil médical de l'aéronautique civile peut accorder une dérogation d'aptitude.

L'autorité médicale mentionne sur le certificat médical d'aptitude les restrictions nécessaires dans le cas où l'accomplissement sûr des fonctions du titulaire dépend du respect desdites restrictions. Ces restrictions sont reportées sur la carte de stagiaire, la qualification ou la licence du navigant par le service de délivrance des licences.

L'autorité médicale peut également assortir la délivrance du certificat d'aptitude d'une limite de validité inférieure à la durée de validité normale de la licence.

Les limites d'aptitude formulées par le conseil médical de l'aéronautique civile ne peuvent être levées que par une nouvelle décision de ce conseil.