Le candidat fournit à l'autorité chargée de l'examen médical une déclaration qu'il certifie exacte, indiquant s'il a déjà subi un examen du personnel navigant (en France ou hors de France) et quel en a été le résultat, ses antécédents médicaux personnels, anciens et récents, héréditaires et familiaux pour autant qu'ils lui soient connus. Il s'engage à répondre sincèrement aux questions qui lui seront posées au cours des examens.

Toute déclaration fausse ou insuffisante prive d'effet le certificat médical délivré à la suite de l'examen. En cas de doute, l'autorité médicale ou le service de délivrance des licences saisit le conseil médical de l'aéronautique civile. Celui-ci peut imposer une vérification de l'aptitude du candidat.
Le ministre de la défense peut prononcer les sanctions disciplinaires prévues par le code de l'aviation civile. S'il s'agit d'un candidat qui n'est pas de nationalité française, les services compétents du ministère de la défense le signalent aux services de délivrance des licences de l'Etat dont il est ressortissant.

L'autorité médicale examinatrice procède à l'examen médical et détermine l'aptitude physique et mentale du candidat, conformément aux dispositions de l'annexe jointe au présent arrêté.
Les normes décrites ne permettent pas de faire face à tous les cas particuliers et laissent, de ce fait, au jugement personnel du médecin examinateur une certaine part dans la détermination de l'aptitude physique et mentale. Face à certains cas particuliers, le médecin expert ou le centre agréé peuvent saisir le conseil médical de l'aéronautique civile pour fixer la décision d'aptitude.

L'autorité médicale remet au candidat dès la fin de l'examen un certificat d'aptitude ou d'inaptitude.
Elle en transmet immédiatement un exemplaire au service de délivrance des licences du ministère de la défense.
Lorsqu'elle le juge nécessaire, l'autorité médicale peut assortir le certificat d'une durée de validité inférieure à la durée de validité normale. Elle a la possibilité d'attribuer une aptitude limitée à quarante-cinq jours pour un personnel navigant d'essais et de réception en attente de comparution devant le conseil médical de l'aéronautique civile.

L'autorité médicale examinatrice peut présenter, pour décision au conseil médical de l'aéronautique civile, les cas particuliers qui présentent une déficience à l'égard d'une norme médicale d'aptitude.
Un candidat déclaré inapte par l'autorité médicale peut saisir le conseil médical de l'aéronautique civile. Il remet alors sa demande à l'autorité médicale examinatrice. Celle-ci joint la demande au dossier d'examen et transmet ces pièces au conseil médical de l'aéronautique civile.
Dans un délai de deux mois à compter de la notification de son inaptitude par le conseil médical de l'aéronautique civile, le candidat peut former auprès de cette instance un recours gracieux qui entraînera un nouvel examen de son dossier.

Le conseil médical de l'aéronautique civile prend les dispositions nécessaires pour éclairer sa décision. Il peut prendre l'avis d'un médecin qu'il a choisi ou qu'a choisi le candidat, consulter les services du centre d'essais en vol, demander un contrôle en vol adapté à la déficience. Il tient compte de l'expérience et de l'habileté du candidat. Si la déficience constatée ne risque pas d'empêcher le candidat d'accomplir avec sûreté ses fonctions lorsqu'il exerce les privilèges de sa carte de stagiaire, de sa qualification ou de sa licence, ni de provoquer une incapacité subite en vol, le conseil médical de l'aéronautique civile peut accorder une dérogation d'aptitude.
L'autorité médicale mentionne sur le certificat médical d'aptitude les restrictions nécessaires dans le cas où l'accomplissement sûr des fonctions du titulaire dépend du respect desdites restrictions. Ces restrictions sont reportées sur la carte de stagiaire, la qualification ou la licence du navigant par le service de délivrance des licences.
L'autorité médicale peut également assortir la délivrance du certificat d'aptitude d'une limite de validité inférieure à la durée de validité normale de la licence.
Les limites d'aptitude formulées par le conseil médical de l'aéronautique civile ne peuvent être levées que par une nouvelle décision de ce conseil.