La mission des affaires européennes favorise les échanges et coopérations avec les institutions de l'Union européenne concernant la politique d'égalité des territoires. Elle assure, dans un cadre interministériel, la fonction d'autorité coordinatrice des fonds européens structurels et d'investissement et veille à la mise en œuvre de l'accord de partenariat mentionné à l'article 14 du règlement (UE) n° 1303/2013 du 17 décembre 2013 susvisé.