Le décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif est applicable au médiateur de l'énergie, qui est, pour l'application de ces dispositions, assimilé à un établissement public administratif.

L'exercice budgétaire et comptable débute le 1er janvier et s'achève le 31 décembre.
Le médiateur national de l'énergie propose avant le 1er novembre de chaque année son budget pour l'année suivante aux ministres chargés de l'économie, de l'énergie et de la consommation, qui l'arrêtent après avis du ministre chargé du budget. Le projet de budget est proposé en équilibre sincère ; il comporte la nature, le montant et l'affectation des recettes attendues et des dépenses nécessitées pour l'exercice de ses missions, ainsi que la prévision du nombre et du type d'emplois des agents de ses services.
Les crédits inscrits au budget sont appréciés au regard des dépenses de fonctionnement hors dépenses de personnel, des dépenses d'investissement et des dépenses de personnel. Les crédits prévus pour couvrir les dépenses de personnel sont limitatifs. Lorsque le médiateur national de l'énergie constate que l'équilibre budgétaire ne peut être respecté, il propose aux ministres chargés de l'économie, de l'énergie et de la consommation, qui l'arrêtent après avis du ministre chargé du budget, une décision modificative du budget permettant un retour à l'équilibre.

Le directeur du budget est chargé de l'exécution du présent arrêté, qui sera publié au Journal officiel de la République française.