Le service de la sécurité de défense et des systèmes d'information est chargé de la mise en œuvre et du respect des réglementations en matière de protection du secret de la défense nationale, de sécurité des systèmes d'information, de protection du patrimoine scientifique et technologique sensible national et de protection des points d'importance vitale pour l'ensemble des organismes relevant de l'autorité du délégué général pour l'armement ou placés sous sa tutelle. A ce titre, il participe aux travaux relatifs à la réglementation dans ces domaines.
Il valide les actions de qualité interne et de contrôle interne de son ressort.

Le service de la sécurité de défense et des systèmes d'information a autorité sur le centre de la sécurité de défense et des systèmes d'information, organisme extérieur, dont les missions et l'organisation sont fixées par instruction.