La commission rend un avis sur les demandes de prime d'aménagement du territoire qui lui sont soumises. L'avis porte sur la pertinence d'accompagner financièrement le projet décrit dans la demande ainsi que sur le montant de l'aide sollicitée. La commission peut ajourner son avis lorsqu'elle ne dispose pas de toutes les informations qui lui sont nécessaires.
L'avis de la commission peut être assorti de conditions auxquelles il est proposé de subordonner l'attribution de l'aide. L'avis de la commission est transmis au ministre chargé de l'aménagement du territoire.