Le bureau de vote spécial procède au dépouillement des votes par commission, sauf pour les commissions consultatives paritaires centrales dont le nombre de votants est strictement inférieur à cinq. Dans ce dernier cas, les enveloppes n° 2 sont transmises par le président du bureau de vote spécial au bureau de vote central.
Le bureau de vote central procède au dépouillement des votes émis par les agents des services centraux et transmis par les bureaux de vote spéciaux. Il détermine, pour chaque commission consultative paritaire centrale, le nombre total de voix obtenues par chaque organisation. La répartition des sièges a lieu à la proportionnelle avec répartition des sièges restants à la plus forte moyenne.
Chaque bureau de vote spécial et le bureau de vote central établissent un procès-verbal des opérations de vote par commission auquel sont annexés les bulletins considérés comme nuls.
Le bureau de vote spécial, pour les commissions consultatives paritaires locales, et le bureau de vote central, pour les commissions consultatives paritaires centrales, procèdent à la proclamation et à l'affichage des résultats.
Les résultats sont publiés le 4 mai 2004 pour les commissions consultatives paritaires locales et le 16 juin 2004 pour les commissions consultatives paritaires centrales.