Une instruction conjointe de la direction de l'administration pénitentiaire et de la direction générale de la comptabilité publique précise les conditions de fonctionnement financier et comptable des établissements pénitentiaires, des résidences administratives des directions régionales ainsi que de la mission des services pénitentiaires d'outre-mer, des services pénitentiaires d'insertion et de probation et la gérance des comptes nominatifs des personnes détenues.