Deux commissions thématiques sont créées au sein du conseil scientifique et d'orientation réunissant des membres des deux collèges ainsi que des personnels de l'Institut national de la jeunesse et de l'éducation populaire :

a) Une commission “jeunesse et politiques de jeunesse” ;

b) Une commission “éducation populaire, vie associative et sport”.

Chaque commission est présidée par une personnalité qualifiée choisie parmi les membres du conseil scientifique et d'orientation.

Chaque commission se réunit sur convocation de son président ou du directeur de l'Institut nationale de la jeunesse et de l'éducation populaire. L'ordre du jour de la réunion est fixé par l'auteur de la convocation.

Les commissions ont pour rôle notamment d'être des instances de réflexion et d'échanges et de préparation des travaux en vue des séances plénières.