La commission d'agrément est composée :

• du directeur des haras dont dépend le centre ou de son représentant, président ;
• d'un expert désigné par le service des haras ;
• d'un vétérinaire praticien désigné par le conseil régional de l'ordre vétérinaire ;
• de deux représentants des éleveurs, désignés par les organismes représentatifs des races concernées ;
• du directeur des services vétérinaires dont dépend le centre ou de son représentant.

La commission peut valablement se réunir lorsque au moins trois membres, dont le président, sont présents.
La commission rend un avis circonstancié après avoir effectué une visite du centre et transmet le dossier au ministre chargé de l'agriculture, service des haras.