L'instruction d'une saisine effectuée par un agent participant aux activités de contrôle consiste à chercher à établir la réalité des faits incriminés, à analyser le contexte dans lequel ils sont intervenus et à apprécier si, et le cas échéant dans quelle mesure, ils ont directement et personnellement porté atteinte aux conditions d'exercice de sa mission.

L'instruction est contradictoire, à charge et à décharge, et réalisée, dans toute la mesure du possible, sur la base de pièces écrites.
Le rapporteur peut procéder à l'audition de l'auteur de la saisine, de l'autorité administrative mise en cause, ou de témoins, personnes physiques ou morales, cités par les parties. Ces auditions font l'objet d'un compte rendu, qui peut être établi par un membre du secrétariat mais reste réalisé sous la seule responsabilité du rapporteur et qui est tenu à la disposition des membres du conseil.
Lorsque la complexité des affaires le requiert, le conseil peut proposer exceptionnellement au ministre concerné de diligenter une mission d'inspection générale. Le rapporteur peut aussi, pour les mêmes raisons, proposer au conseil d'entendre les parties.

Si la partie mise en cause répond par écrit aux éléments contenus dans la saisine, le rapporteur peut, s'il je juge utile, communiquer cette réponse au requérant.
Si le requérant fait part de nouveaux éléments au vu de cette réponse, ces nouveaux éléments sont communiqués à la partie mise en cause.
Lorsqu'il estime disposer des éléments nécessaires à son rapport, le rapporteur détermine une date de clôture de l'instruction : celle-ci est communiquée par le secrétariat aux parties en leur précisant qu'aucune observation nouvelle ne sera reçue après cette date.

L'instruction d'une saisine effectuée par un ministre ou par l'autorité centrale de l'inspection du travail consiste à analyser la question soumise au conseil et à lui apporter des réponses circonstanciées destinées à garantir le respect des conditions d'exercice des missions d'inspection du travail.
Le rapporteur peut procéder, ou proposer au conseil de procéder, à l'audition d'experts. Il peut solliciter la direction générale du travail pour disposer d'un appui en matière de recherches documentaires.

Lorsque l'instruction est close, le rapporteur rédige un rapport et un projet d'avis motivé. Ils sont adressés aux membres du conseil dès que possible et au plus tard cinq jours avant la séance au cours de laquelle ils seront examinés.
Le conseil se prononce sur le projet d'avis à la majorité. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante. Le membre issu du collège des personnalités qualifiées du comité de déontologie des ministères sociaux ne participe pas au vote.

L'avis est notifié à l'auteur de la saisine, à la partie mise en cause, à l'autorité centrale du système d'inspection du travail, au ministre et, selon les cas, à la commission administrative paritaire ou au comité social d'administration ministériel.