L'instruction est contradictoire, à charge et à décharge, et réalisée, dans toute la mesure du possible, sur la base de pièces écrites.
Le rapporteur peut procéder à l'audition de l'auteur de la saisine, de l'autorité administrative mise en cause, ou de témoins, personnes physiques ou morales, cités par les parties. Ces auditions font l'objet d'un compte rendu, qui peut être établi par un membre du secrétariat mais reste réalisé sous la seule responsabilité du rapporteur et qui est tenu à la disposition des membres du conseil.
Lorsque la complexité des affaires le requiert, le conseil peut proposer exceptionnellement au ministre concerné de diligenter une mission d'inspection générale. Le rapporteur peut aussi, pour les mêmes raisons, proposer au conseil d'entendre les parties.