La saisine du conseil est effectuée par écrit. Le secrétariat du conseil appose sur chaque lettre de saisine reçue un timbre à date et un numéro d'enregistrement. Il adresse au requérant un accusé de réception.

Pour être recevable, la saisine effectuée par un agent participant aux activités de contrôle de l'inspection du travail doit être écrite et signée, faire référence à des actes précis émanant d'une autorité administrative désignée et expliquer en quoi l'intéressé estime que ces actes portent directement et personnellement atteinte aux conditions d'exercice de sa mission.

Pour être recevable, la saisine effectuée par le ministre du travail ou par un autre ministre en charge d'un service d'inspection du travail doit être signée par le ministre ou par le directeur de son cabinet. Une saisine effectuée par l'autorité centrale de l'inspection du travail doit être signée par le directeur général du travail. Elle doit porter sur des questions à caractère général concernant le respect des missions et garanties de l'inspection du travail. Elle ne peut comporter de référence à des actes qui pourraient permettre de les imputer, dans le cadre d'une procédure disciplinaire, à un ou plusieurs agents participant aux activités de contrôle.

Le conseil se prononce sur la recevabilité des saisines qui lui sont adressées.
Lorsque la recevabilité ou l'irrecevabilité d'une saisine est manifeste, le président procède à une consultation écrite ou par courrier électronique des membres titulaires du conseil, en leur communiquant une copie de la saisine. Sauf avis contraire d'un des membres, exprimé dans un délai de sept jours, il informe le requérant de la recevabilité ou de l'irrecevabilité de sa demande.
Lorsqu'il existe un doute sur la recevabilité ou s'il apparaît que des informations complémentaires sont nécessaires pour se prononcer sur la recevabilité d'une saisine, il est statué lors de la plus prochaine réunion du conseil, après, le cas échéant, que le président a écrit au requérant pour solliciter ces informations. Il en informe les membres titulaires du conseil par écrit ou par courrier électronique, en leur communiquant une copie de la saisine et de sa réponse.

Les saisines sont instruites, à tour de rôle, par un membre titulaire du conseil, en fonction d'un tableau établi au début de chaque mandature. Lorsque la nature ou la complexité de l'affaire le requiert, ou à la demande du rapporteur désigné, un autre membre peut être affecté à l'instruction du dossier.
Si un membre titulaire à qui il revient d'instruire un dossier prévoit qu'il sera indisponible pour une période de plusieurs mois sans pour autant se trouver en situation d'empêchement, il peut demander à ce que son suppléant le remplace dans cette fonction. Dans ce cas, un membre titulaire lui est associé pour l'instruction du dossier.

Lorsqu'un membre du conseil estime que des relations personnelles ou professionnelles, actuelles ou récentes, avec l'auteur de la saisine ou avec l'autorité administrative mise en cause seraient de nature à le placer en situation de conflit d'intérêts ou ne lui permettraient pas de réaliser l'instruction de l'affaire en toute indépendance et impartialité, il en fait part au président et se déporte.

Une fois qu'il a été statué sur la recevabilité de la saisine et qu'un rapporteur a été désigné, le secrétariat en informe le requérant.
Il informe également de la saisine et de la désignation d'un rapporteur la partie mise en cause et lui communique la lettre de saisine et, s'il y a lieu, les pièces annexes.
Le secrétariat communique également ces éléments à l'autorité centrale du système d'inspection du travail et, si la partie mise en cause appartient au système d'inspection du travail, à son responsable hiérarchique.
Il mentionne sur ces courriers de transmission la date limite fixée par le rapporteur pour produire une réponse ou des observations.