Le Conseil national de l'inspection du travail se réunit au moins trois fois par an, sur convocation de son président, qui arrête l'ordre du jour. Il est convoqué de plein droit dans le délai d'un mois à la demande d'au moins quatre de ses membres titulaires, formulée par lettre adressée au président. Cette lettre précise l'ordre du jour sur lequel la réunion est demandée.

Sauf urgence motivée, l'ordre du jour, accompagné des pièces afférentes à chaque affaire, est adressé aux membres titulaires du conseil au moins quinze jours avant la date de la réunion. Lorsqu'un membre titulaire prévoit qu'il ne pourra pas être présent, il lui appartient de transmettre les éléments à son suppléant et d'en informer le secrétariat.
Tout membre titulaire peut demander l'inscription d'une question à l'ordre du jour. Lorsque cette demande est formulée après l'envoi de l'ordre du jour, le conseil détermine, au début de la séance, s'il ajoute cette question à l'ordre du jour ou s'il l'inscrit à celui de la séance suivante.
Une fois par an, un membre suppléant peut, pour se familiariser avec le fonctionnement de l'instance, demander à assister à une séance, y compris en cas de présence de son titulaire.

Le conseil délibère valablement lorsque cinq au moins de ses membres, titulaires ou suppléants, sont présents, parmi lesquels au moins un des membres titulaires ou suppléants désignés sur proposition des commissions administratives paritaires des corps de l'inspection du travail ou des contrôleurs du travail.
Lorsque le quorum n'est pas atteint, il est convoqué à nouveau dans un délai de cinq jours francs et délibère valablement quel que soit le nombre des présents.

Lorsque le conseil examine une saisine dans laquelle une question concerne manifestement la déontologie et la prévention des conflits d'intérêts, le président du conseil en informe le comité de déontologie des ministères sociaux afin que soit présent lors des débats un de ses membres.
Lorsqu'il existe un doute sur l'existence d'une question concernant la déontologie et la prévention des conflits d'intérêts, il est statué en réunion du conseil.

Lors du renouvellement quadriennal du conseil, il est procédé à l'élection du président, sous la présidence du doyen d'âge.
L'élection du président est acquise à la majorité absolue des suffrages exprimés. En cas d'égalité des voix, le candidat le plus âgé est désigné.

Jusqu'à l'élection du président ou en cas d'absence ponctuelle du président lors d'une des réunions du conseil, la présidence de séance est assurée par le doyen des membres présents.

Un compte rendu de chaque réunion, retraçant de manière explicite les questions de principe examinées et les avis formulés, est préparé par le secrétariat du conseil et soumis à l'approbation du conseil lors de sa plus prochaine séance. Il est adressé à l'ensemble des membres titulaires et suppléants.

Le secrétariat du conseil est identifié distinctement des autres services de la direction générale du travail. Il est placé sous l'autorité fonctionnelle du président.
Il est chargé de l'enregistrement des saisines et de leur suivi, des convocations et comptes rendus des travaux du conseil, de la notification des avis et de la préparation du rapport annuel.
Il assiste matériellement les membres du conseil dans l'exercice de leur mandat et dans la réalisation des tâches qui leur sont confiées à ce titre.