La date de la rentrée annuelle est fixée en accord avec l'agence régionale de santé territorialement compétente, en septembre ou en octobre.
Les candidats admis en formation s'acquittent des droits d'inscription dont le montant est fixé par un arrêté des ministres en charge du budget et de l'enseignement supérieur, auprès de l'université avec laquelle l'école a conventionné.

La formation est organisée en quatre semestres validés par l'obtention de 120 crédits européens, conformément au référentiel de formation prévu à l'annexe III. Elle comprend des enseignements théoriques et pratiques organisés en école ou à distance et une formation réalisée en milieu professionnel.
La formation en milieu professionnel comprend 1 645 heures correspondant à un total de 47 semaines de 35 heures.
La formation conduisant au diplôme d'Etat d'infirmier de bloc opératoire peut, à l'initiative de l'école et en concertation avec l'université, être suivie de façon discontinue, sur une période ne pouvant excéder trois ans. Dans ce cas, les modalités d'organisation de la scolarité sont déterminées par le directeur de l'école après avis de l'instance compétente pour les orientations générales de l'école. Cette limite ne s'applique pas aux étudiants inscrits dans le cadre de la validation des acquis de l'expérience.

La formation théorique et pratique est répartie en douze unités d'enseignements et un suivi pédagogique individualisé des apprenants, dont le contenu, le nombre de crédits européens attribués et les modalités de validation sont décrits dans le référentiel de formation en annexe III.
L'organisation de la formation et du suivi pédagogique des étudiants est définie conjointement par l'école et l'université après avis du conseil de l'unité de formation et de recherche ou des instances de l'école.
L'enseignement théorique peut être réalisé à distance, dans la limite de 50 % de la durée totale de la formation théorique. Il est réalisé sous forme de cours magistraux, de travaux dirigés ou de travaux pratiques en petits groupes permettant l'apprentissage progressif des gestes et techniques nécessaires à l'acquisition des compétences.
Les enseignements théoriques et pratiques peuvent être mutualisés, y compris entre plusieurs sessions de formation de l'école, avec d'autres écoles du même groupement, hors groupement, de la région ou en inter région, y compris avec d'autres formations en santé paramédicales ou médicales.
Les outils de simulation en santé sont utilisés pour favoriser les apprentissages pratiques et gestuels. L'inter professionnalité est recherchée.

La formation en milieu professionnel comprend 47 semaines de stage à réaliser en milieu professionnel. Une proposition d'organisation des stages avec la répartition des crédits européens est décrite dans le référentiel de formation en annexe III. Les disciplines obligatoires définies dans ce référentiel sont respectées. Six semaines minimum permettent à l'étudiant de réaliser des missions d'assistant chirurgical.
Les périodes en milieu professionnel peuvent se réaliser en établissement de santé public ou privé, dans un hôpital des armées ou auprès de chirurgiens libéraux. Pour les étudiants dont la formation est financée par leur employeur, hormis les alternants, un maximum de vingt-trois semaines de la période en milieu professionnel peut être réalisé chez cet employeur à condition de ne pas revenir dans le secteur interventionnel dans lequel ils travaillaient antérieurement et dans le respect des disciplines obligatoires mentionnées au précédent alinéa et de la présence d'au moins un encadrant infirmier de bloc opératoire diplômé d'Etat.
Conformément à l'article 7 de l'arrêté du 10 juin 2021 susvisé, les terrains de stage sont agréés par le directeur de l'école en concertation avec l'université. L'agrément précise l'engagement de la structure à mettre à disposition les ressources nécessaires à un apprentissage de qualité, en énonçant notamment la présence de professionnels infirmiers de bloc opératoire diplômé d'Etat, les activités proposées en lien avec les compétences à valider, le dispositif d'évaluation prévu et le nombre de stagiaires autorisés simultanément pour chaque terrain de stage.
Une convention de stage est signée entre l'apprenant, le directeur de l'école et la structure d'accueil en milieu professionnel ou, le cas échéant, le chirurgien ou la société d'exercice libéral de chirurgiens.
Le responsable de la structure d'accueil ou le maître de stage ou le cas échéant le maître d'apprentissage lorsque le stage est effectué par un apprenti chez son employeur, désigne un tuteur de stage infirmier de bloc opératoire diplômé d'Etat ou chirurgien pour les actes et activités en lien avec la compétence 3 qui assure l'encadrement du stagiaire.

La participation de l'étudiant aux enseignements et aux stages est obligatoire durant toute la formation.
Tout congé pour une raison de maladie, de maternité ou pour enfant malade doit être justifié par un certificat médical. Les dispositions du code du travail relatives à la durée minimale des congés maternité doivent être respectées. Une franchise maximale de cinq pour cent de la durée totale de la formation peut être accordée, pendant laquelle ils sont dispensés des cours, des travaux dirigés, des travaux de groupe, des séances d'apprentissages pratiques et gestuels et des stages. L'étudiant ou alternant devra toutefois présenter les épreuves de validation des blocs de compétences. Au-delà de la franchise maximale de cinq pour cent, les stages non effectués doivent faire l'objet d'un rattrapage dans le même type de stage et dans la mesure du possible au sein du même lieu. Cette disposition s'applique à l'ensemble des étudiants et alternants, quelles que soient les modalités de suivi de la formation.
Le directeur de l'école peut, sur production de pièces justificatives et dans des cas exceptionnels, autoriser certaines absences avec dispense des cours, des travaux dirigés, des travaux de groupe, des séances d'apprentissages pratiques et gestuels au-delà de la franchise prévue au précédent alinéa. Il en informe la section compétente pour le traitement pédagogique des situations individuelles des étudiants.

Au cours du quatrième semestre, les étudiants soutiennent un mémoire sous la responsabilité d'un directeur de mémoire, désigné par le référent universitaire de l'unité d'enseignement « recherche » en concertation avec le directeur de l'école, sur proposition de l'équipe pédagogique. Le sujet du mémoire est validé par le référent universitaire de l'unité d'enseignement « recherche ». En fonction de leur projet professionnel, ce mémoire est soit un mémoire bibliographique fondé sur une analyse critique de la littérature, soit une analyse de pratiques professionnelles, soit un mémoire consistant en une analyse critique, s'appuyant sur l'expérience clinique et s'inscrivant dans un champ théorique déterminé, soit un mémoire de recherche. Dans ce dernier cas, le directeur du mémoire est un enseignant-chercheur ou un chercheur.

Les étudiants ont droit à des congés annuels. L'organisation de ces congés est précisée dans le référentiel de formation en annexe III.
Les agents publics et les salariés d'établissements privés reprennent temporairement leur activité chez leur employeur pour la période excédant les congés habituellement octroyés chez ce dernier.
Le stage complémentaire mentionné à l'article 28 est programmé durant la période estivale universitaire, par l'équipe pédagogique. Dans ce cas, il se substitue pour tout ou partie à la reprise temporaire de l'activité mentionnée au précédent alinéa. Un avenant à la convention mentionnée à l'article 7 est signé entre l'école et l'employeur.