Le décret n° 94-874 du 7 octobre 1994 modifié fixe les sanctions disciplinaires applicables aux élèves fonctionnaires de l'école. Ces sanctions sont prononcées par le ministre chargé de l'équipement, à l'exception de l'avertissement qui est prononcé par le directeur de l'école.
Dans les cas graves et urgents, le directeur de l'Ecole nationale des sciences géographiques peut proposer la suspension d'un élève.

Les sanctions disciplinaires applicables aux autres élèves, aux auditeurs titulaires et aux auditeurs libres sont :
1° L'avertissement ;
2° Le blâme ;
3° L'exclusion temporaire pour une durée qui ne peut excéder trois mois ;
4° L'exclusion définitive.
Elles sont prononcées par le directeur de l'école. Celui-ci recueille l'avis de la commission d'enseignement intéressée, siégeant en conseil de discipline.

Le règlement intérieur de l'école fixe les autres sanctions applicables à tous les élèves ou auditeurs dans les cas d'infraction à ce règlement.

Les élèves disposent de la liberté syndicale et de la liberté d'information dans des conditions qui ne portent pas atteinte aux activités d'enseignement et qui ne troublent pas l'ordre public.

L'arrêté du 15 janvier 1988 précisant les modalités d'application de l'arrêté interministériel du 23 décembre 1975 fixant les conditions d'organisation et de fonctionnement de l'Ecole nationale des sciences géographiques est abrogé.