Le secrétariat général comprend, outre la cellule d'appui du haut fonctionnaire de défense et de sécurité et un cabinet :
1° Le service des ressources humaines ;
2° Le service des finances et des achats ;
3° Le service de l'immobilier ministériel ;
4° Le service du pilotage et du soutien de proximité ;
5° Le service de l'expertise et de la modernisation ;
6° Le service des systèmes d'information et de communication ;
7° Le service de l'accès au droit et à la justice et de l'aide aux victimes ;
8° La délégation aux affaires européennes et internationales ;
9° La délégation à l'information et à la communication.
Le service à compétence nationale dénommé « Agence des techniques d'enquêtes numériques judiciaires » lui est rattaché.
Dans la conduite de leurs missions respectives, ces services s'appuient sur les délégations interrégionales du secrétariat général.