La direction des affaires financières et de la logistique comprend :

• la sous-direction des affaires budgétaires ;
• la sous-direction du financement de l'agriculture ;
• la sous-direction de la logistique et du patrimoine ;
• la mission de modernisation financière.

La sous-direction des affaires budgétaires comprend :

• le bureau du budget ;
• le bureau de la comptabilité ;
• le bureau de l'informatisation des systèmes comptables ;
• le bureau du financement des organismes rattachés ;
• le bureau de l'étude des concours publics à l'agriculture.

La sous-direction du financement de l'agriculture comprend :

• le bureau du crédit et de l'assurance ;
• le bureau des études fiscales ;
• le bureau des chambres d'agriculture et de leur assemblée permanente.

La sous-direction de la logistique et du patrimoine comprend :

• le bureau des moyens logistiques ;
• le bureau du patrimoine immobilier ;
• le bureau de la sécurité et de la maintenance des bâtiments administratifs ;
• le bureau de la commande publique.