L'exploitant prend toutes les dispositions nécessaires dans la conception et l'exploitation de ses installations pour assurer une bonne gestion des déchets de son entreprise et le respect de la hiérarchie des modes de gestion des déchets de l'article L. 541-1 du code de l'environnement, notamment :
― limiter à la source la quantité et la toxicité de ses déchets en adoptant des technologies propres ;
― trier, recycler, valoriser ses déchets de fabrication ;
― s'assurer du traitement ou du prétraitement de ses déchets, notamment par voie physico-chimique, biologique ou thermique ;
― s'assurer, pour les déchets ultimes dont le volume doit être strictement limité, d'un stockage dans les meilleures conditions possibles.

L'exploitant effectue à l'intérieur de son établissement la séparation des déchets (dangereux ou non) de façon à faciliter leur valorisation ou leur élimination dans des filières spécifiques.
Les déchets et résidus produits sont stockés, avant leur valorisation ou leur élimination, dans des conditions ne présentant pas de risques de pollution (prévention d'un lessivage par les eaux météoriques, d'une pollution des eaux superficielles et souterraines, des envols et des odeurs) pour les populations avoisinantes et l'environnement.
Les stockages temporaires, avant valorisation ou élimination des déchets dangereux, sont réalisés sur des cuvettes de rétention étanches et protégées des eaux météoriques.
La quantité de déchets entreposés sur le site ne dépasse pas la capacité mensuelle produite ou, en cas de traitement externe, un lot normal d'expédition vers l'installation de traitement.

Les déchets sont valorisés ou éliminés dans des installations réglementées conformément au code de l'environnement. L'exploitant est en mesure d'en justifier le traitement sur demande de l'inspection des installations classées.
L'exploitant met en place un registre caractérisant et quantifiant tous les déchets générés par ses activités (nature, tonnage, filière de traitement, etc.). Il émet un bordereau de suivi dès qu'il remet ses déchets dangereux à un tiers.
Tout brûlage à l'air libre est interdit.

Les cendres issues de la combustion de biomasse récupérées par voie sèche ou humide sous l'équipement de combustion peuvent être épandues, dans la limite d'un volume annuel de 5 000 tonnes/an. L'épandage de tout autre déchet, des eaux résiduaires et des boues est interdit.
L'exploitant respecte les dispositions de l'annexe III concernant les dispositions techniques à appliquer pour l'épandage.