Les agents des douanes sont destinataires des informations enregistrées dans le FIDE.

Par ailleurs, la Commission nationale de l'informatique et des libertés a accès au système aux fins, d'une part, d'en assurer la surveillance et, d'autre part, de réaliser des contrôles indépendants afin de garantir que les traitements et l'exploitation des données ne violent pas les droits des personnes qui en font l'objet.

Pour l'exercice de sa responsabilité, le comité institué par l'article 16 de la convention sur l'emploi de l'informatique dans le domaine des douanes accède également au FIDE. Dans ce cadre et à cette fin, il peut utiliser directement les données ainsi obtenues.