Les délais de conservation des données enregistrées dans le FIDE, qui courent à compter de la date d'introduction, sont les suivants :
- les données relatives à des dossiers d'enquêtes en cours ne peuvent pas être conservées au-delà d'un délai d'un an sans que ne soit intervenu un acte d'enquête. Cet acte d'enquête doit obligatoirement prendre la forme d'un procès-verbal. La durée totale de conservation de ce type de données ne peut pas en tout état de cause excéder trois ans sans que la constatation d'une infraction ne soit intervenue. Cet acte de constatation prend également la forme d'un procès-verbal.
La nécessité de conserver ces données fait l'objet d'un examen annuel par l'administration des douanes.
- les données relatives à des dossiers d'enquêtes closes ayant donné lieu à la constatation d'une infraction, mais qui font l'objet soit d'une procédure judiciaire de jugement, soit d'une procédure administrative de transaction, ne peuvent pas être conservées au-delà d'un délai de six ans ;
- les données relatives à des dossiers d'enquêtes closes ayant donné lieu à la constatation d'une infraction puis à un jugement devenu définitif, ou à une transaction, ne peuvent pas être conservées au-delà d'un délai de dix ans.
Dès que l'un des délais de conservation maximum institués ci-dessus est dépassé, les données concernées sont automatiquement effacées.
Si au cours ou à l'issue de l'enquête une personne ou une entreprise est définitivement mise hors de cause par l'administration des douanes ou par l'autorité judiciaire, les données qui lui sont relatives sont immédiatement effacées.