Exercice des opérations d'effarouchement.
Toute personne bénéficiant d'une dérogation à l'interdiction de destruction du grand cormoran pour prévenir les dommages aux piscicultures ou les impacts sur les populations de poissons menacées peut réaliser des opérations d'effarouchement du grand cormoran. Ces opérations ne peuvent se tenir que sur les mêmes lieux et aux mêmes périodes que les opérations de tir. L'effarouchement peut prendre la forme d'une perturbation sonore ou visuelle, n'ayant pour objectif que le dérangement des grands cormorans. En particulier, ces opérations doivent être mises en œuvre de façon à limiter le plus possible leur impact sur les autres espèces protégées.

Exercice des opérations de tir autorisées en application des dérogations.
Les tirs ne peuvent être réalisés que pendant la journée, c'est-à-dire durant la période comprise entre l'heure précédant le lever du soleil et l'heure suivant le coucher du soleil.
Les tirs sont réalisés jusqu'à 100 mètres des rives du cours d'eau, du plan d'eau ou du canal.
Ces opérations doivent être mises en œuvre de façon à limiter le plus possible leur impact sur les autres espèces protégées.

Les tirs sont suspendus une semaine avant les opérations de dénombrement national du grand cormoran et autres oiseaux d'eau en janvier dont les dates sont portées à la connaissance des personnes autorisées à réaliser les destructions de cormorans.

L'ensemble des bénéficiaires de dérogation ainsi que les participants aux opérations de destruction doivent respecter les règles nationales de la police de la chasse, y compris l'interdiction de l'emploi de la grenaille de plomb dans les zones humides suivantes : zone de chasse maritime, marais non asséchés, fleuves, rivières, canaux, réservoirs, lacs, étangs et nappes d'eau, en application de l'arrêté du 1er août 1986 modifié relatif à divers procédés de chasse, de destruction des animaux nuisibles et à la reprise du gibier vivant dans un but de repeuplement. Cette interdiction s'étend sur un périmètre de 100 mètres autour de ces zones.
Les destructions peuvent être opérées par armes rayées, uniquement lorsque les oiseaux sont posés au sol et immobiles, de manière à garantir un tir fichant.

Récupération des bagues.
Les bagues récupérées sur les oiseaux tirés sont adressées au Centre de recherches sur la biologie des populations d'oiseaux.

Comptes-rendus des opérations de tir.
Chaque opération de tir ayant conduit à la destruction d'un ou plusieurs cormorans fait l'objet d'un compte-rendu précisant a minima le lieu et le nombre d'oiseaux détruits. Il est adressé par le bénéficiaire de l'autorisation de destruction au préfet selon les modalités déterminées par ce dernier. Si une application permettant d'adresser ce bilan est disponible sur le site « https://www.service-public.fr », ce bilan est adressé dans un délai d'au plus 72 heures suivant la première destruction. Lorsque la demande de dérogation a été présentée par une structure représentative des pisciculteurs, cette dernière peut adresser le compte-rendu pour le compte des pisciculteurs.