Les zones sensibles du bassin Rhône-Méditerranée-Corse comprennent les bassins versants :

de la Saône en amont de Massieux (Ain) en rive gauche et Quincieux (Rhône) en rive droite ;

du lac Léman ;

des étangs palavasiens (Arnel, Méjean, Grec, Prévost), de l'étang de l'Or et de l'étang de Berre.