Les zones sensibles du bassin Adour-Garonne comprennent les bassins versants des cours d'eau et lacs suivants :

- les affluents en rive gauche de la Garonne entre la Saudrune à l'amont et la Baïse à l'aval (hors son affluent la Gélise) ;

- les affluents de rive droite de la Garonne suivants :

l'Hers mort ;

le Tarn (en aval de Montauban) et le lac de la Raviège, l'Aveyron et ses affluents hors le Cérou et la Vère ;

les cours d'eau entre la Barguelonne à l'amont et la Masse à l'aval ;

le Lot (en aval de sa confluence avec le Dourdou) et ses affluents hors le Célé ;

les cours d'eau entre le Tolzac à l'amont et le Dropt à l'aval ;

la Dordogne en amont du barrage de Bort-les-Orgues, son affluent de rive gauche la Rhue (en amont de Vaussaire), son affluent de rive gauche la Cère (en amont du lac de Saint-Etienne-de-Cantalès) et son affluent de rive droite l'Isle entre ses points de confluence avec l'Auvezère (exclue) et la Dronne (exclue) ;

la Charente en amont de sa confluence avec l'Arnoult ;

les affluents de rive gauche de l'Adour, entre le Lées et le Luys, et l'Arros à l'aval de Villecomtal-sur-Arros ;

les lacs et étangs littoraux aquitains et le bassin d'Arcachon.