L'agrément est accordé pour le territoire suivant :

Départements de la Charente, de la Charente-Maritime, des Deux-Sèvres, de la Vienne, de la Dordogne, de la Gironde, des Landes, du Lot-et-Garonne et des Pyrénées-Atlantiques, en dehors de la zone géographique du massif des Pyrénées, tel que défini par le premier alinéa de l'article 1er du décret n° 85-999 du 20 septembre 1985 susvisé.

Le conservatoire botanique Sud-Atlantique assure également la coordination biogéographique des actions mises en œuvre par les conservatoires botaniques nationaux pour le territoire de la région Nouvelle-Aquitaine.