Sont regroupées à la direction régionale des finances publiques de Bourgogne - Franche-Comté :

- les activités des paieries régionales de Bourgogne et de Franche-Comté ;
- les missions régionales relatives à la politique immobilière de l'Etat de Bourgogne et de Franche-Comté ;
- les activités des missions d'expertise économique et financière de Bourgogne et de Franche-Comté ;
- les activités relatives au contrôle budgétaire régional de Bourgogne et de Franche-Comté.