Les échantillons d'eau doivent être prélevés de manière à être représentatifs de la qualité de l'eau considérée. Les prélèvements sont réalisés dans les conditions d'exploitations habituelles des installations et conformément aux normes en vigueur.

La définition du plan d'échantillonnage dans le cadre du contrôle sanitaire, notamment la détermination des lieux de prélèvements des échantillons par le directeur général de l'agence régionale de santé conformément aux articles R. 1321-15 et R. 1322-41 du code de la santé publique, s'appuie sur les procédures d'analyses des dangers et de maîtrise des points critiques appliquées par l'exploitant conformément à l'article R. 1322-29 du code de la santé publique, sur le plan d'échantillonnage existant, et, dans le cas des établissements thermaux, sur la configuration des réseaux et les catégories de soins telles qu'elles sont définies en annexe II.

Pour les eaux conditionnées, les procédures mises en place par l'exploitant au titre de l'article R. 1322-29 du code de la santé publique doivent fixer les modalités de gestion des lots, notamment les exigences à respecter pour leur libération.