La commission se réunit sur convocation du ministre chargé de la santé.
Lorsqu'un membre titulaire est empêché de siéger, il est remplacé dans l'ordre de présentation par un suppléant élu sur la même liste que lui.

Le secrétariat de la commission est assuré par la direction des hôpitaux.
Les membres de la commission et le personnel qui en assure le secrétariat sont soumis au secret professionnel défini à l'article 378 du code pénal pour tous les faits et documents dont ils ont connaissance en leur qualité.

Les membres titulaires ou suppléants dont le dossier est soumis à l'avis de la commission ne peuvent prendre part aux délibérations sur l'ensemble des points de l'ordre du jour qui les concerne.

Communication doit être donnée aux membres de la commission de toutes les pièces et documents nécessaires à l'accomplissement de leur mission.

La commission ne délibère valablement que si au moins la moitié des membres plus le président ou son suppléant sont présents.

La commission émet ses avis à la majorité des membres présents.
S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Toutefois, à la demande de l'un des membres de la commission, le vote a lieu à bulletin secret. En cas de partage des voix, l'avis est réputé avoir été donné.

Le président peut désigner des rapporteurs au sein ou en dehors de la commission ; les rapporteurs désignés n'ont pas voix délibérative lorsqu'ils sont choisis en dehors de la commission.

Les membres de la commission ne perçoivent aucune indemnité du fait de leurs fonctions. Des frais de déplacement et de séjour leur sont attribués dans les conditions fixées par le décret n° 66-619 du 10 août 1966 modifié.

L'arrêté du 11 mars 1988 relatif aux modalités d'organisation des élections à la désignation des membres et au fonctionnement de la Commission nationale compétente pour les nominations aux fonctions de chef de service de psychiatrie est abrogé. Toutefois, la Commission nationale mentionnée à l'article 25 du décret n° 88-225 du 10 mars 1988 susvisé continuera à exercer ses compétences jusqu'à l'installation de la Commission nationale mentionnée à l'article R. 714-21-16 du code de la santé publique.