La décision de qualification peut être retirée par le ministre chargé de l'agriculture, après une procédure contradictoire préalable, si les conditions posées aux articles D. 823-1, D. 823-2 et D. 823-3 ne sont plus respectées. Elle peut également être retirée notamment si une modification substantielle concernant la nature juridique, l'organisation, le fonctionnement ou les activités de l'institut bénéficiaire intervient avant cette échéance, par rapport à la situation qui a motivé la qualification.