L'équipe de direction est composée :

1° D'un directeur ;

2° D'un directeur adjoint ;

3° D'un directeur scientifique ;

4° D'un secrétaire général.

Les membres de l'équipe de direction sont nommés par arrêté du ministre de la défense sur proposition du directeur stratégie de défense, prospective et contre-prolifération, qui recueille préalablement l'avis des membres de droit du conseil scientifique.

Le directeur de l'institut est responsable :
1° Des productions scientifiques ;
2° Des relations avec le monde universitaire et les différents partenaires ;
3° De la communication et du rayonnement ;
4° De l'organisation et du fonctionnement et de la politique générale de l'institut.

Le directeur de l'institut est assisté par un directeur adjoint, qui le seconde et le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.

Le directeur adjoint est soit un officier général en 1re section, soit un officier supérieur, soit un fonctionnaire civil de niveau au moins équivalent à celui d'administrateur civil, soit un contractuel de niveau équivalent.

Le directeur scientifique de l'institut est soit un professeur des universités, soit un directeur de recherche du Centre national de la recherche scientifique, soit un agent contractuel de niveau équivalent. Il assiste le directeur dans l'exécution de sa mission et est chargé plus particulièrement des missions de programmation scientifique de l'institut.

Le secrétaire général est chargé de la gestion administrative de l'institut.