Les ingénieurs du génie sanitaire recrutés par concours direct et nommés ingénieurs stagiaires suivent, conformément aux dispositions de l'article 8 du décret du 30 octobre 1990 susvisé, une formation d'une durée minimale de trois semaines pendant l'année du stage.

Cette formation vise à favoriser l'appréhension du secteur sanitaire et social, l'identification professionnelle et à renforcer les aptitudes dans le domaine du management et du partenariat dans le champ santé environnement.

Elle garantit la maîtrise d'outils et de méthodes communs à tout fonctionnaire de l'Etat et spécifiques aux ingénieurs du génie sanitaire.

Elle comporte des périodes d'enseignement à l'Ecole des hautes études en santé publique et, en tant que de besoin, dans d'autres instituts de formation en étroite collaboration avec l'école.