La commission consultative paritaire est présidée par le directeur du Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres ou par son suppléant.

La commission élabore son règlement intérieur selon le règlement type établi par le ministère chargé de la fonction publique. Ce règlement est soumis à l'approbation du directeur du Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres.
Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui n'est pas nécessairement membre de la commission.
Chaque commission désigne en son sein un représentant du personnel pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint, puis transmis dans un délai de un mois aux membres de la commission.

La commission consultative paritaire se réunit sur la convocation de son président ou à la demande écrite de la moitié des membres titulaires du personnel et, en tout état de cause, au moins deux fois par an pour connaître des questions entrant dans sa compétence.

Les suppléants peuvent assister aux séances de la commission sans prendre part aux débats ni au vote. Ils n'ont de voix délibérative qu'en l'absence des titulaires qu'ils remplacent.
A la demande de l'administration ou à la demande des représentants du personnel, le président de la commission peut convoquer des experts afin qu'ils soient entendus sur un point inscrit à l'ordre du jour. Ces experts participent exclusivement aux débats portant sur les questions pour lesquelles ils ont été convoqués. Ils ne participent pas au vote.

La commission émet son avis à la majorité des membres présents.
S'il est procédé à un vote, celui-ci a lieu à main levée. Toutefois, à la demande de l'un des membres titulaires de la commission, le vote a lieu à bulletin secret. Les abstentions sont admises. En cas de partage des voix, l'avis est réputé avoir été donné ou la proposition formulée.
Lorsque l'autorité compétente prend une décision contrairement à l'avis ou à la proposition émis par la commission, cette autorité doit informer la commission des motifs qui l'ont conduite à ne pas suivre l'avis ou la proposition.
Les séances des commissions ne sont pas publiques.

La commission siège en assemblée plénière.
Un représentant du personnel ne peut prendre part aux délibérations de la commission lorsque celle-ci est appelée à statuer sur son cas. Il est alors remplacé par un membre suppléant.

La commission ne délibère valablement qu'à la condition d'observer les règles de constitution et de fonctionnement édictées par le présent arrêté et par son règlement intérieur.
En outre, les trois quarts au moins des membres doivent être présents lors de l'ouverture de la réunion.
Lorsque ce quorum n'est pas atteint, une nouvelle convocation est envoyée dans un délai de huit jours aux membres de la commission, qui siège alors valablement si la moitié de ses membres sont présents.

Toutes facilités doivent être données par l'administration à tous les membres de la commission consultative paritaire pour leur permettre de remplir leurs attributions. En outre, communication doit leur être donnée de toutes pièces et documents nécessaires à l'accomplissement de sa mission huit jours au moins avant la date de la séance.
Une autorisation d'absence est accordée aux représentants du personnel pour leur permettre de participer aux réunions de cette commission, sur simple présentation de leur convocation. La durée de cette autorisation est calculée en tenant compte des délais de route, de la durée prévisible de la réunion, et augmentée d'un temps égal à cette durée afin de mettre les intéressés en mesure d'assurer la préparation et le compte rendu des travaux de la commission, dans la limite de deux journées. Les membres de la commission paritaire sont soumis à l'obligation de discrétion professionnelle en ce qui concerne tous les faits et documents dont ils ont eu connaissance en cette qualité.

Les membres de la commission consultative paritaire ne perçoivent aucune indemnité pour l'exercice de ces fonctions.
Ils sont toutefois indemnisés de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions fixées par le décret n° 90-437 du 28 mai 1990, modifié par le décret n° 2000-928 du 22 septembre 2000.