Pour mettre en œuvre l'examen du certificat d'aptitude professionnelle agricole en totalité en épreuves certificatives en cours de formation, le centre de formation doit demander une habilitation selon les modalités précisées dans l'arrêté du 13 janvier 2014 susvisé.
L'habilitation est délivrée pour une année, pour une spécialité et pour un site.
Le renouvellement de l'habilitation annuelle peut être accordé par la direction régionale de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt sous réserve de l'avis favorable du président adjoint de jury du diplôme qui suit le centre de formation.