Les commissaires stagiaires bénéficient, avant le début de leur formation, d'un entretien individuel conduit sous la responsabilité de la direction centrale du service du commissariat des armées. Cet entretien vise à adapter leur formation à leur cursus antérieur et aux premières affectations envisagées.
En fonction des besoins de formation identifiés, le cycle de formation peut comprendre des enseignements, des études personnelles ou des stages dans des domaines tels que la comptabilité, les finances publiques, la logistique, les achats publics, l'audit et le contrôle de gestion, le droit, l'organisation et les ressources humaines.
Les commissaires stagiaires recrutés parmi les fonctionnaires et les agents contractuels du ministère de la défense bénéficient, en outre, d'une formation humaine et militaire d'officier.